由于水库湖沼学学科发展相对于传统的湖沼学、河流学较为滞后( 萨莫伊洛夫和李恒，1958;湖泊及流域学科发展战略研究秘书组，2002 )，其作为现代湖沼学一个相对独立的学科在 20 世纪 90 年代才正式出现( 林秋奇和韩博平,2001 ).在一定程度上阻碍了水库生态安全(reservoir ecological security)问题的针对性分析与管理方法的探索。
现代水库生态系统研究和主要结论来自研究自然湖泊稀少和水资源较为紧张地区的湖沼学者。捷克学者在这一领域开展的工作较早，也最为系统，Hrbacek领导的研究所在 20 世纪 60 年代对布拉格供水水库斯拉皮水库的生态学开展了系统研究，为水库生态学理论的形成莫定了基础，斯拉皮水库生态系统的长期研究也为水库生态学理论发展提供了系统的数据(Ulmann，1998: Hrbacek，1984 )20 世纪 80 年代后，水库生态学受到世界各地学者和有关组织的重视，特别是美国和西欧水质工程有关学者，亚洲( 中国、印度)的学者侧重于水库渔业的研究以水库为对象的生态学研究经费和研究论文数量有了飞速发展。1987 年第一届国际水库湖沼学和水质管理大会的召开反映了人们对水库生态学研究重要性的认识。第一本水库湖沼学芝作于 1990 年由美国学者 Thorton 等编写出版，国际理论与应用湖沼学会主席 Wetzel 教授在 1990 年为该书写了结论性的最后一章，这标志着水库湖治学作为现代湖治学一个相对独立的学科出现，水库生态学也迎来了一个新的发展阶段。
当前国际上水库生态学的研究主要关注两个方面:一是，将水库作为一种特殊水体类型，研究如何丰富经典的生态学和湖沼学( Tundisi and Straskraba,1999 )二是，以水库特点为基础，研究水库生态管理存在的问题( 韩博平，2010;Ccchct al.，2007: Seda ct al.，2007) 等。例如，Duncan ( 1990 ) 研究了伦敦水库的水库生态管理和生物操作技术; Salencon 和 Thebault ( 1996)以法国中营养水库为例研究了水库生态系统管理的模拟模型;Vorosmarty 等(1997) 分析了世界范围内水库对径流的储存及演化特征; Hamilton 和 Schladow(1997)研究了湖泊水库水质预测模型;Brierley 和 Harper ( 1999 )研究了深水水库管理的生态学原则;Tuford 和 McKellar( 1999 )对南卡罗莱纳州大型水库的水动力时空特征和水质模型技术进行了研究; Nilsson 和 Berggren ( 2000 )研究了水库库岸带(消落带)的变化特征;Kennedy ( 2001 ) 探讨了建立水库营养盐基准的问题。
我国也是较早开展水库湖沼学研究的国家之一。中国科学院刘建康等( 1955)发表了我国水库生态学研究的第一篇论文，揭开了我国水库生态学/水库湖沼学研究的序幕。我国水库生态学大致分为 3 个阶段,分别为 1955~1975 年的起步阶段1976~2000 年以水库渔业生产为目标的研究阶段、2001 年至今以水库水质管理为目标的研究阶段。