生态水文分区是指在对流域生态水文过程客观认识和充分研究的基础上，应用生态学、水文学、水资源学和生态水文学的原理和方法,采用遥感、地理信息系统等技术手段,揭示流域自然生态水文系统的相似性和差异性规律及人类活动对流域生态水文系统干扰的规律,并进行整合和分区,从而划分生态水文的区域单元并在图上准确地反映出来。生态水文分区遵循的原则包括,生态水文系统的分异性、生态水文系统的完整性、生态水文系统的等级性、生态水文系统内的相似性、区际间的差异性和人类活动对生态水文系统演变的影响具有差异性等。
河流生态水文分区是基于河流生态环境需水量研究的需要而提出的,它以中国宏观尺度的河流生态水文系统为研究对象,应用生态水文学与陆地系统科学的原理与方法,借助地理信息系统的空间分析功能,进行生态水文空间单元的划分与整合。河流生态水文分区不仅考虑中国河流的水文现象和水文过程,而且考虑流域生态需水量的空间特征、影响因素和河流作为生物栖息地的生态环境功能,是特征分区与功能分区的有机统一,也是区域划分与河段划分的结合。尹民等(2005)在综合分析相关研究进展的基础上,界定了河流生态水文分区的内涵,结合中国不同区域的生态环境特点与水文水资源状况,建立了河流生态水文分区的基本原则与依据及不同级别分区的指标体系,应用地理信息系统的空间香加分析、专家判断与定性分析等方法,将全国划分为 10 个一级区、44 个二级区和 406 个三级区。杨爱民等(2008)在综合分析生态分区、水文分区、综合自然分区与水资源分区等相关研究的基础上,首次提出并界定了生态水文分区的概念,根据中国不同流域或区域的生态水文特征 .提出了生态水文分区的原则.建立了生态水文分区的指标体系,并以水资源三级区为单元,采用定性与定量相结合的 ISODATA 模糊聚类分析方法,将全国划分为 3 个生态水文大区、36 个生态水文区,提出了各生态水文一级区内与水有关的生态环境保护目标与准则(杨爱民等,2008)。中国的生态水文区划综合了流域内自然因素及人类干扰的影响,从分区指标体系和分区结果来看,以水文分区为主,水生态系统结构及属性成分相对较少，且较为模糊。此外,分区体系和分区目标结合不紧密，目前仍停留在大尺度级别。生态水文分区注重与生态需水有关的水量计算,对于流域内人类活动对水体水质、河流生境及生物多样性方面的影响没有考虑,因此有一定的生态学意义但不全面。