目前在饮用水管理工作中，存在部门职责不清，职能交叉严重的问题，主要表现在以下两方面。
(1) 饮用水水源保护问题，主要是水利部门和环保部门负责，从职能分析比较来看，饮用水水源保护对象凸现的是水的资源功能，而不是环境功能，应当由水利部门牵头，但在现行规定和实际工作中，往往是环保部门牵头负责饮用水水源保护工作。双方在入河排污口管理、水功能区划、饮用水水源保护区划定中都有所交叉或冲突。至于供水和水源水质监测工作，以上四部门和供水企业都有名自监测队伍，从总体上看，在监测能力和力量不足的同时又造成了大量重复建设和浪费。
(2) 出水水质管理问题，主要是卫生部门和建设部门负责。两者管理角度和方式不同，卫生部门从防治传染病，加强卫生监管的角度，负责饮用水卫生监督工作，建设部门作为供水企业的行业主管和资质管理单位，负责供水水质管理工作。但在实际工作中，两者的管理对象是一致的，职责往往难以分清，如《生活饮用水卫生监督管理办法》规定了建设部门负责饮用水卫生管理工作，这与卫生监督工作就很难区分。
为了使饮用水水质安全保障工作能够全面顺利地进行，应尽快扭转多头管理的体制。卫生部、建设部、水利部、国土资源部、环境保护部应各负其责，从水资源的自然属性和优化配置、高效利用的客观需要出发，要进一步加快水务一体化进程。将建设部门指导城市供水、节水职能和对污水处理的行业管理职能移交给水利(水务)部门，由其对水源、供水、节水、排水、治污和回用等进行一体化管理。水利(水务) 部门应当统筹考虑水资源的配置和管理、水源工程的建设、饮用水水源的保护以及对供水企业的水质管理和行业指导等，并牵头组建统一的饮用水水质监测网络和组织信息发布工作，在饮用水安全问题上起到主导作用。另外，卫生、环保部门应当配合水利(水务) 部门做好饮用水安全工作，卫生部门工作职责应当界定在集中式供水单位的管网和出厂水以及相关产品、人员的卫生监管上，而环保部门则主要负责工业污染源的监控，同时会同农业部门做好面源污染防治工作。